Manuel Borja-Villel (Burriana, 1957) se licenció en Historia del Arte en la Facultad de Geografía e Historia de la Universidad de Valencia en 1980. En 1981-1982 fue Special Student en la Universidad de Yale. En 1981-1983 recibió una beca Fullbright. En 1987 recibió un Master of Philosophy del Departamento de Historia del Arte de la Universidad City de Nueva York. En 1988-1989 obtuvo la beca Kress Foundation Fellowship para Historia del Arte y en 1989, el doctorado en Filosofía en el Departamento de Historia del Arte de la Graduate School de la Universidad City de Nueva York.
Fue director de la Fundació Antoni Tàpies de Barcelona desde su inauguración, en junio de 1990, hasta julio de 1998. En esta fundación organizó exposiciones como «Els límits del museu» y «La ciutat de la gent», así como muestras de los artistas Louise Bourgeois, Brassaï, Marcel Broodthaers, Lygia Clark, Hans Haacke y Krzysztof Wodiczko, entre otros.
Desde el mes de julio de 1998 hasta enero de 2008, fue director del Museu d'Art Contemporani de Barcelona (MACBA). Entre las exposiciones que presentó en el MACBA destacan las dedicadas a Vito Acconci, El Lissitzky, Öyvind Fahlström, Peter Fischli & David Weiss, Robert Frank, David Goldblatt, Luis Gordillo, Raymond Hains, Richard Hamilton, William Kentridge, Perejaume, Michelangelo Pistoletto, Gerhard Richter, Martha Rosler y Antoni Tàpies, entre otros. Algunas exposiciones de tesis que organizó en dicho museo son «Antagonismos», «Campos de fuerzas», «Arte y utopía. La acción restringida», «Un teatro sin teatro» y «Bajo la bomba. El jazz de la guerra de imágenes transatlántica. 1946-1956».
Desde enero de 2008 es director del Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía. Junto con la búsqueda de nuevas formas de institucionalidad, una parte importante de su programa en el Museo Reina Sofía se centra en el desarrollo y la reorganización de la colección, cambiando el método de presentación de las obras. Entre las últimas exposiciones que ha programado destacan: «Pessoa. Todo arte es una forma de literatura» y «Dadá ruso. 1914-1924» (2018), «Piedad y terror en Picasso. El camino a Guernica» (2017), «Marcel Broodthaers. Una retrospectiva» (2016), «Ficciones y territorios. Arte para pensar la nueva razón del mundo» (2016), «Aún no. Sobre la reinvención del documental y la crítica de la modernidad» (2015), «Un saber realmente útil» (2014) y «Playgrounds. Reinventar la plaza» (2014), entre otras muchas.